Illustratorでは、デザイン作成時にピクセルに小数点以下の端数が含まれていると、書き出しの際にずれたり、滲んだりしてしまいます。
端数が含まれてしまう原因は様々ですが、制作時にミリ単位でデザインしていたり、アートボードそのものがずれていたり、パスの境界線を中央に引いてしまっているといったことが考えられます。
それらの点に注意しつつ、ピクセルがしっかりと合ったデザインになるように心掛けましょう。
webデザインなどピクセルベースでデザインする場合は、設定の「ピクセルにスナップ」をオンにしておくことで、自動的にピクセルを整数に合わせてくれるので活用するといいでしょう。
Illustrator CC2017では「選択したアートをピクセルグリップに整合」という機能が追加され、複数レイヤーを一括で調整してくれるようになったので、このバージョンを利用している方はこちらもぜひ活用してみてください。