今回の場合、メーカー側は「希望小売価格」や「上代」を設定することで、別の業者に販売価格の目安を伝えることはできますが、小売業者側に販売価格を指示することは独占禁止法2条9項4号で禁じられている為、原則としてできません。(書籍、雑誌、新聞、音楽などの定価販売が行われている商品は除きます)
このような問題は価格の差は違えどよくある話なので、それによってメーカーとしての信頼性に影響することは考えづらいと思います。
どうしても信頼の部分が気になる場合は決定的な対策にはなりませんが、自社のネットショップがメーカー直販である点をアピールすることで、他店舗よりも信頼性は高くなると思いますので、そのあたりに力を入れてみると良いでしょう。