楽天のシステムを使用することで、配送方法でメール便を選択した場合は、代引き、日時指定ができないようにすることが出来ます。
「基本情報設定」のページの中に「商品別配送設定」という商品ごとに配送方法を設定できる所があります。
この設定ページの「配送方法セット」の所で「メール便」という項目を作成すると、商品編集ページの「配送方法セット」の所に「メール便」がプルダウンで選択できるようになります。
メール便発送商品にはこの方法を使って設定してみて下さい。

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