楽天の仕様上、一部の商品のみでラッピングを選べるようにすることは出来ません。
ラッピング対応していない商品では、商品名や販売説明分でラッピング不可と記載して対応するといいでしょう。
有料ラッピングの場合は、ラッピング登録機能を使用せずに商品ページでラッピングページを作成し、一部の商品のみにラッピングページへのバナーを設置して、一緒に購入してもらう方法もおススメです。