カテゴリーページのURLの最後に【?s=1&i=1#risFil】を追加してリンクを設定してください。
例:http://item.rakuten.co.jp/店舗名ID/c/0000000001/
 → http://item.rakuten.co.jp/店舗名ID/c/0000000001/?s=1&i=1#risFil

これで、在庫切れ商品は表示されないようになります。