楽天ペイ切り替えの際に「代金引換」「後払い決済」「ショッピングクレジット/ローン」「オートローン」「リース」「請求書払い」といった支払い方法については、店舗側で任意で導入する決済手段となったため、元々登録していたとしても再度設定が必要になっています。
代引きの利用登録が出来ていない事が考えられるので、一度確認してみて下さい。