「参照元不明」は主にユーザーがサイトを「お気に入り登録」されていて、そこからページへ訪問された場合や、URLを直接入力して訪問があった場合にカウントされます。
また、メルマガから訪問されたアクセス数も「参照元不明」としてカウントされます。
「参照元不明」の値は、「アクセス分析 > 参照元サイト」を見た際の「直接参照」としてカウントされている値と一致します。
「参照元サイト」では、PC、スマホそれぞれに1日単位でより詳細なアクセス分析ができるので参考にしてみるといいでしょう。