楽天で、FTPを使ってR-Cabinetへ画像を一気にアップロードしているのですが、例えば『20180101』という画像フォルダーの階層を、『layout_img/20180101』のように入れ子構造で行いたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか?

FTPを使って画像フォルダを入れ子構造にしたい場合は、フォルダの中にさらにフォルダを作り、その中に画像を入れてアップロードしてください。
今回の場合は、『layout_img』というフォルダの中に『20180101』のフォルダを作り、その中に画像を入れてFTPサーバーの『cabinet > images』内にアップロードするようにしてください。