楽天市場からYahoo!ショッピングストアへ移行作業を考えています。管理しやすくするためにも、カテゴリーページのURLを楽天とYahoo!で共通のものにしたいのですが、方法はあるのでしょうか?

Yahoo!ショッピングストアでは、カテゴリーページのURLはカテゴリーページの新規作成時に設定したカテゴリー名を基に生成されます。
日本語で設定した場合はEUCの2バイトコードに変換されてしまいますが、アルファベットと数字の場合はそのままURLとして反映されます。
楽天のカテゴリーURLは数字の連番となっているので、Yahoo!ショッピングのカテゴリー新規作成時にそれらの数字をカテゴリー名に設定して作成すると良いでしょう。