楽天やyahoo内で画像やテキストの差し替えを行うと、消してはいけないhtmlタグを気づかないうちに消してしまい、崩れてしまうことがあります。こうしたことを防ぐために何かいい方法はありますか?

楽天やyahoo内でバナー差し替え作業をするのは、ミスがあった場合に気づきにくいのでお勧めできません。
テキストエディタに更新ページの内容を一度すべて移して、エディタ内で編集したのちに元ページにすべて戻すといった流れで作業するのがおすすめです。
無料のテキストエディタでも「TeraPad」や「サクラエディタ」などは、コードが崩れていた場合には色が変わって、間違いを気づかせてくれる機能がついているので、一度利用してみるといいでしょう。

「TeraPad」
https://tera-net.com/

「サクラエディタ」
https://sakura-editor.github.io/