yahooのFTP(トリプル)は、FTPサーバーへのセッションが5分以上切れたのを確認した後、同期が開始される仕様となっています。
ですので、反映までの時間を短くしたい場合は、ファイルをアップロードした後にFTPアプリケーション(FFFTPなど)を開いたままにせず、すぐに終了するようにしましょう。
また、別のパソコンからサーバーに接続し続けている場合や、一度ファイルをアップロードしてから5分経たずに次のファイルをアップロードしてしまうと、「ファイルのアップロード処理が継続している」と認識されるため、いつまでもファイルが反映されなくなってしまうので気を付けてください。