集客がよくないのであればアフィリエイトの料率を上げるのは一つの手段です。
適正なパーセントは取り扱い商品により変わってくるので一概には言えませんが、全ての商品に対してアフィリエイトが適用されるため、入口商品などで赤字が出ないラインをボーダーにパーセントを調節するといいでしょう。
Yahoo!ショッピングでは、最大49%まで料率を引き上げる事が可能ですが、いきなり高い料率を設定するのではなく少しずつ上げていくことをお勧めします。