ストアクリエイターProでは、zipファイルで画像をアップロードできます。
画像管理 > 追加 > 一括アップロード のボタンを選択し、参照するzipファイルをダイアログから選択してアップロードしてください。
但し、そのときに参照している階層に画像ファイルが置かれますので、画像管理上、判りやすい階層ごとに置き場所を事前に決めるようにすれば扱いやすくなります。