「商品ページ編集」の設定で簡単にできます。「メーカー希望小売価格(税込)」を定価に設定しておき、その下の「通常販売価格(税込)」へ実際の値引き価格を入れてください。
それだけで商品ページの価格の下に、赤い囲み文字で「50%OFF」などと表示されるようになります。